Trong Chiến tranh thế giới thứ hai, Nhật Bản chiếm đóng Miến Điện từ năm 1942 đến 1945. Người Nhật đưa Thant đến Rangoon để lãnh đạo Ủy ban Tái tổ chức Giáo dục. Tuy nhiên, Thant không có bất kỳ thực quyền nào và trở lại Pantanaw. Khi người Nhật ra lệnh cưỡng bách học tiếng Nhật trong các trường trung học tại Pantanaw, Thant bất chấp lệnh và hợp tác với phong trào kháng Nhật đang phát triển.[16]

Năm 1948, Miến Điện giành độc lập từ Anh. Nu trở thành thủ tướng của Miến Điện độc lập, người này bổ nhiệm Thant làm giám đốc truyền thông vào năm 1948. Đến lúc này, nội chiến bùng phát tại Miến Điện, người Karen bắt đầu khởi nghĩa và Thant liều mạng đến các trại của người Karen nhằm đàm phán về hòa bình. Đàm phán đổ vỡ, và đến năm 1949 phiến quân đốt cháy quê ông, trong đó có cả nhà ông. Phiến quân từng đẩy tiền tuyến đến nơi chỉ cách thủ đô Rangoon bốn dặm Anh (~6,4 km) song bị đánh lui. Sang năm sau, Thant được bổ nhiệm làm thư ký của chính phủ Miến Điện trong Bộ Thông tin. Từ năm 1951 đến năm 1957, Thant là thư ký của thủ tướng, viết các bài phát biểu cho U Nu, dàn xếp các chuyến đi ngoại quốc của ông ta, và gặp các khách ngoại quốc. Trong toàn thời kỳ này, ông là bạn tâm giao và cố vấn thân cận nhất của U Nu.[16]

Ông cũng tham gia một số hội nghị quốc tế và là thư ký của Hội nghị thượng định Á-Phi lần thứ nhất vào năm 1955 tại Bandung, Indonesia, là sự kiện khai sinh Phong trào Không liên kết. Từ năm 1957 đến năm 1961, ông là đại biểu thường trực của Miến Điện tại Liên Hợp Quốc và trở nên tích cực tham gia trong các cuộc đàm phán về Ageria độc lập. Năm 1961, Thant được bổ nhiệm làm chủ tịch của Ủy ban Liên Hợp Quốc về Congo. Chính phủ Miến Điện trao cho ông huân chương Maha Thray Sithu.[17]